En las aplicaciones web normalmente no hay mucho problema cuando se quiere que un determinado módulo o aplicación corra en una versión X del .NET Framework, sin embargo, en las aplicaciones de escritorio o "windows", por defecto éstas se ejecutan bajo el runtime de la última versión instalada.

Una forma rápida de definir con que versión se debería ejecutar la aplicación, es hacerlo desde el archivo de configuración con el elemento supportedRuntime:

Dentro del elemento startup, se especifican -en orden de preferencia- las versiones soportadas; si se quiere ser un poco más restrictivo, se puede usar el elemento requiredRuntime.