Gracias a Mads Kristensen, me entero de una forma sencilla de eliminar la cabecera X-AspNet-Version que normalmente se envía al cliente.

code:
HTTP/1.1 200 OK
Date: Mon, 02 Jul 2007 23:02:51 GMT
Server: Microsoft-IIS/6.0
X-Powered-By: ASP.NET
X-AspNet-Version: 2.0.50727
Set-Cookie: ASP.NET_SessionId=f31vuhudwugmjje511e3szuy; path=/; HttpOnly
Cache-Control: private
Content-Type: text/html; charset=utf-8
Content-Length: 7391

Para evitar este comportamiento, hay que poner en false el valor del atributo enableVersionHeader del elemento httpRuntime:

xml:
<?xml version="1.0"?>
<configuration>
    <system.web>
      <httpRuntime enableVersionHeader="false"/>
    </system.web>
</configuration>

No entiendo el motivo de que enableVersionHeader esté habilitado por omisión, sabiendo que es mejor ocultar las versiones del software que se usa.